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2006年，胃结核病线粒体平面图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）构想以多形官能粒状母巨噬细胞病变（GBM）、肺上皮巨噬细胞巨噬细胞胃癌（LUSC）和卵巢浆液官能囊腺胃癌（OV）开始两星期3年的实验区工程建设，2009年~2015年新一轮展开。到工程建设截止，TCGA网络研究工作工并作者已描绘了33种胃结核病各种类型10,000余举例病人的癌巨噬细胞大分子特官能，并并不一定了很多癌巨噬细胞大分子冠状病毒。TCGA包含的另有科不可或缺特官能代请肯定短时间推移的数据集利用。为确保确实可用这些具线粒体特官能的都从另有科数据集，最近TCGA完成时一批重大成果，发请肯定在CellPress为该公司的期刊。

本文对4月底5日发请肯定Cell上的一文完成编译。文章阐述以OS（总求生期）、PFI（无成效等长）、DFI（生等长）和DSS（结核病之外存活）为四个主要另有科结果起始站的TCGA蓝胃结核病另有科数据集自然资源（TCGA-CDR）规格化数据库，并假定了每种胃结核病各种类型的起始站可用决定。TCGA另有科数据集可从线粒体数据集共享空间内（GDC）网易上传，所有的大分子数据集在上传。另有科数据集和大分子数据集可用同样的条码结构设计，便于病人的另有科数据和取样大分子数据集紧密结合。

TCGA蓝胃癌数据库数据集流特官能

平面图1A为另有科数据集紧密结合和分析方式方式及4个主要另有科起始站引申和分析的流程平面图,对33份初始申请和97份后续数据集文件，共33种胃结核病各种类型111,60举例胃结核病病人的数据完成了妥善处理。请肯定1为每个TCGA数据集流的基本特官能。按原发癌巨噬细胞取样根据大分子特官能崭露头角每个数据集流，皮肤黑色素病变（SKCM）的原发和移到圹两种各种类型都有，其它极更少数癌巨噬细胞的原发与移到各种类型也有研究工作。

平面图1. 另有科数据集紧密结合和分析方式方式及4个主要另有科起始站引申和分析流程平面图

请肯定1. TCGA 蓝胃癌数据集流特官能

另有科结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总求生期（OS）很举足轻重，优点是并不一定OS流血事件时模糊官能高于。但可用OS并作起始站似乎强化另有科研究工作，因为非胃癌惨他杀不一定能反映出癌巨噬细胞药理学、来袭官能或对放射治疗缓解。可用OS或才可更是长的随访短时间；很多另有科试验中会，上会采用相对随访短时间较长的DFI或PFI。针对现有TCGA另有科数据集，要认识到短时另有科随访等长在来袭官能胃结核病各种类型结果的举足轻重官能，因为似乎几年内就捕捉到到另有科流血事件，在惨失踪前已显现出入院入院或成效。对来袭官能较弱的胃结核病各种类型，病人在数十乃至几十年后入院，随访期间似乎无法捕捉到足以流血事件以支给与有效率结果供判别。该分析方式的目的是核查TCGA蓝胃癌另有科药效侦测的相对战术上和不足，聘请今后的分析方式和避免随访等长短时间不足等缺陷。

分析方式全部TCGA另有科数据集后，结论如下：在数据集可获得时，OS、PFI及DFI相对精准，但多数才会只能推估DSS。平面图1B为33种多种不同胃结核病各种类型的OS K-M弧线。尽管求生分析方式不是TCGA主要要能，多数胃结核病各种类型求生弧线与过往分析相同求生起始站的单独研究工作无论如何相同，GBM、OV（2008, 2011）和低高至粒状病变（LGG）（2015）的TCGA结果就是最出色举例证。PFI、DFI和DSS的K-M弧线见平面图1C–1E。

平面图1 B-E另有科数据集分析方式

基于每种胃结核病各种类型4个起始站的捕捉到短时间计算平均值随访短时间及流血事件或核查的中会位短时间（请肯定2）。所有癌巨噬细胞的中会位随访短时间为22.1个月底，但多种不同各种类型胃结核病该短时间歧异极大；GBM和急官能髓系白血病（LAML）最短约12个月底，而肾脏嫌色巨噬细胞胃癌（KICH）最远约48个月底。

请肯定2 总体中会位随访短时间及4个起始站的流血事件与捕捉到中会位短时间

录用可用的另有科结果起始站

另有科结果起始站必需取决于研究工作要能、流血事件数量、数据集流一般来说和结果数据集质量。将这些方式和开发的其它方式并作为对单个结核病数据库的测试和可用核查，假定在每种结核病各种类型中会可用每个结果起始站的决定及主因（请肯定3）。每种胃结核病各种类型的求生起始站才可要数通过一个主要测试和可用核查才被接受。33种胃癌中会的13种可用全部4个起始站：膀胱尿路上皮胃癌（BLCA）、内膜上皮巨噬细胞巨噬细胞胃癌（CESC）、结肠胃癌（COAD）、食管胃癌（ESCA）、头颈部上皮巨噬细胞巨噬细胞胃癌（HNSC）、肾脏乳头状巨噬细胞胃癌（KIRP）、肺腺胃癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺胃癌（PAAD）、肉病变（SARC）、胃腺胃癌（STAD）和子宫内膜胃癌（UCEC）。相反，从未一个起始站的有嗜铬巨噬细胞病变和副骨骼肌病变（PCPG）。黏膜癌巨噬细胞弥漫大B巨噬细胞黏膜病变（DLBC）、LAML和腰腺病变（THYM）极更少一个起始站；剩余胃结核病各种类型2或3个起始站，但其中会一些给与消极态度。最有效率的是PFI，可无保留地录用给除LAML（无数据集）、DLBC和KICH（严厉可用）和PCPG（不录用）另有的4种癌巨噬细胞。

请肯定3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的分析与录用可用

证明TCGA-CDR及与此之外定量

在乳腺胃癌研究工作中会，雌激素ER阴官能病人另有科求生期病因比ER+癌巨噬细胞病人顶多。分别用OS、PFI、DFI和DSS更为这两类癌巨噬细胞病人的求生期（平面图3A–3D；弧线截止于10年随访短时间，但可用整个数据库完成分析方式）。单因素所分析方式显示，可用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）并作为另有科起始站，TCGA中会ER+乳腺胃癌病人比ER-病人有好处的求生期，但可用OS时两类病人间不假定歧异(p = 0.097) 。此另有，两类病人的DSS（p = 0.009）有特别是在歧异，请肯定明DSS的潜在价值。以上发现证实了PFI和DFI是特定各种类型乳腺胃癌大分子研究工作的更好起始站。

平面图3 证明和定量实举例

此另有还证明了来袭官能GBM求生结果起始站。TCGA中会GBM中会位OS为12.6个月底，介于早先媒体报道的规格放射治疗的12.1个月底和规格放射治疗联合替莫唑胺的14.6个月底二者之间。中会位PFI是6.1个月底，介于早先媒体报道的规格放射治疗5个月底和规格放射治疗联合替莫唑胺的6.9个月底二者之间。毕竟，TCGA数据库OS和PFI流血事件短时间与古文献相符。再一鲜为人知OS和PFI并作为GBM大分子研究工作的另有科起始站效度。

用Cox比举例安全官能回归假设确定高期（III、IV期）相对低期（I、II期）胃结核病病人的安全官能比（HR），证明4个起始站的TCGA-CDR数据集。由于DFI并不一定与其它结果的并不一定不相符，对录用可用OS、PFI和DSS的14种各种类型胃结核病更为logHR（请肯定3）。随后极更少对实现Cox比举例安全官能结论的结核病完成统计数据（平面图3E–3G）。最近，14种各种类型胃结核病中会，除间皮病变（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素病变（UVM）另有，高期对比低期HR在3个录用起始站OS、PFI及DSS上显着很低。采用配对取样的Wilcoxon秩和检验，当可用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）观测时，logHR有特别是在歧异，显示结核病成效和求生起始站在HR上假定系统对也就是说；OS与DSS二者之间从未特别是在歧异（p = 0.106）。对2个logHR值的规格有误完成后下加权平均值确定Pearson之外系数， 由logHR推估的3种结果有极特别是在正之外：PFI和OS之外系数0.96（95%置信区间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区间：0.61–0.98）。这些之外官能潜在支给与另有科早期用PFI，前期用OS和DSS做起始站。

除了紧密结合大分子数据集，还尝试分析方式首次放射治疗后生病人与非生病人有否显现出多种不同的从新癌巨噬细胞流血事件。TCGA-CDR中会29类胃结核病电子邮件用以消除该问题，纳入病人从病因到完成时首治并超越生状态数存活3个月底。以LUSC为举例，有289举例生病人和41举例长期非生病人，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比举例安全官能回归假设，发现在非生病人中会NTE安全官能特别是在高于生病人（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变动q值＜0.05）。在另另有21种胃结核病各种类型中会也有无论如何相同结果（请肯定4）。余下7种癌巨噬细胞中会从未捕捉到到这些歧异。我们也在分析有否每个假设都实现比举例安全官能结论，其中会有两个不符合，才可要研究工作短时间依赖及多给定假设来寻找主因。

请肯定4 非生与生病人NTE发展对比

TCGA从世界各地数百个接入利用病举例，为消除另有科数据集多种不同接入间的实际意义，才可回避数据集完整官能、癌巨噬细胞和病人特官能等。对每种结核病而言，我们对比了前两名提供者病举例数最多的秘密组织来源接入（TSS）与所有其它TSS的同种结核病及4个结果起始站（请肯定5）。

请肯定5 对来自前两位TSS的每个胃结核病各种类型研究工作结果完成更为

对于GBM等具来袭官能的癌巨噬细胞，前两位TSS（#1和#2）的病症许多人与其它TSS相对来说无论如何相同的有OS、PFI和DSS，因流血事件太更少难以分析方式不录用DFI做起始站。BRCA等较低来袭官能癌巨噬细胞，顺势录用可用PFI和DFI，但决定严厉用OS或DSS分析。TSS #1的另有科数据集显现出不太好的OS和DSS，但从未捕捉到到PFI歧异；另另有，请肯定面上TSS#1有好处的DFI结果，极更少显现出3举例 DFI流血事件。这种请肯定里不一的现像请肯定明该接入的结果数据集才可大幅度分析。另一层面，TSS #2的4个起始站结果与其它地方相符。

这个有趣的结果更为请肯定明，当从特定结果分析方式总体TCGA的另有科数据集时，才可要回避TSS的具体电子邮件。由于年龄、癌巨噬细胞依此/高至及放射治疗等因素所制约多种不同TSS患病许多人的起始站结果，TSS可以并作为这些和不无论如何另有科原文等其它不曾观测歧异的替代。

潜在的比如说因素所、竞争对手结果的

安全官能及假设结论

对另有科求生起始站分析方式来说，决定可用所妥善处理的全部另有科数据集。但相对来说大分子/线粒体数据集的紧密结合分析方式，要肯定两个层面。首先，录用刊发意见基于两条线求生假设，以大分子冠状病毒并作预见因子划分取样集，有似乎破坏结果统计数据的特别是在官能歧异。因此，从互之外连的TCGA大分子数据集或癌巨噬细胞冠状病毒TCGA-CDR结果数据集中会得出的结论才可在单独的癌巨噬细胞数据库中会大幅度证实。

第二，我们决定极更少可用原发癌巨噬细胞的大分子数据集，因为病人初诊时，举足轻重短时间电子邮件等意味着的另有科数据集已利用相对完整。皮肤黑色素病变（SKCM）在TCGA癌巨噬细胞各种类型中会更加多种不同，470举例癌巨噬细胞中会极更少103举例原发癌巨噬细胞，其余296举例为原发癌巨噬细胞局部黏膜结移到，68举例远端移到。这与极更少利用到移到病变的其它TCGA胃结核病各种类型形成鲜明。SKCM移到病变极更少兼具意味着的原发癌巨噬细胞，而其它TCGA胃结核病各种类型尽管极更少有移到病变，但都兼具意味着的原发取样。因此，对于SKCM结果的之外官能，决定只可用有限数量的原病症举例，尽管SCKM黏膜结移到的III期病举例可并作为单独两大完成研究工作。

在可用从新紧密结合的TCGA-CDR数据库时，还才可要肯定：潜在搞混因素所、竞争对手结果的安全官能及假设结论。

比如说因素所

比如说因素所假定但被忽略在假设以另有时，也就是说似乎归因于或低估真实药效。如在乳腺胃癌的族群歧异研究工作中会，非裔与黑人病人二者之间假定举足轻重的基因请肯定达歧异，然而根据大分子冠状病毒完成变动后，这种歧异特别是在减低甚至绝迹。放射治疗特性也是潜在的比如说因素所，当电子邮件可得到时应适当回避变动。放射治疗不曾知时，年龄、诊治该医院及病因最迟等规格放射治疗并作为替代电子邮件能减低部分有最大值。对这层面的决策三维，努力可用癌巨噬细胞研究工作课题病因研究工作决定报告（REMARK）。

竞争对手结果的安全官能

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对从未历程举足轻重流血事件且生的惨失踪病人完成甄别。在这种才会，如果结论病人从未其它惨他杀，那她/他最终仍似乎惨死于胃结核病指征。然而，在推估放射治疗等预见因子对炎症胃结核病或心血管结核病等非指数胃结核病惨失踪安全官能的预见意志力时，该结论十分可取。

假设结论

定量Cox比举例安全官能（PH）假设不必核查PH结论。除更少数与此之外另有，大多数假设都实现Cox PH结论，但才可大幅度探索这些个案以找寻违抗结论的主因，从而对HR做出更是直观的推估。尽管已经为搬运数据集和消除问题付出了巨大尽力，但仍假定举足轻重的可用限制，访问TCGA另有科数据集都不必了解这些限制。

首先，TCGA主要是为大分子研究工作设计，本来病举例必需来自多个私人机构兼具更好油料秘密组织的不曾放射治疗原病症举例，因此这些病举例不组合而成连续官能。此另有，对于每种多种不同癌巨噬细胞各种类型/研究工作，随访数据集从未实质上利用。同时，另有科数据集利用的一些规章在过往被迫随着短时间的推移而扭转。TCGA - CDR不包含胃结核病放射治疗史，并非所有病举例都被原文。因此，分析方式特定癌巨噬细胞各种类型或冠状病毒的放射治疗背景优于概略官能蓝胃癌分析方式。当病人完成具体放射治疗时，受益要用DFI和PFI起始站有效分析方式。

其次，TCGA取样另有科随访根据当地诊所的短时间请肯定，似乎为结核病或特定指甲的入院和病人举足轻重生命状态的记录，因此从未TCGA指定的另有科随访构想，极更少假定工程建设主要忽视的癌巨噬细胞大分子特官能。

再一，近乎所有TCGA获得的癌巨噬细胞取样和线粒体及大分子数据集来自从新诊病人原发癌巨噬细胞的单个腌，由此显现出的线粒体和大分子数据集不必在空间内或短时间任何层面明确捕获代请肯定另一病人结果给定的癌巨噬细胞异质官能。该问题不是TCGA独有的，任何线官能原发官能癌巨噬细胞研究工作都假定。

概述

这项工并作是有史以来第一次新一轮系统对地妥善处理TCGA蓝胃癌另有科数据。由此显现出的TCGA-CDR的结果起始站与单独非TCGA研究工作结果相符，说明该自然资源在空前现有的另有科复杂性上提供者了海洋生物观测从新视角。也要认识到TCGA-CDR的内在可用局限官能及不可或缺官能聘请和录用刊发意见。已经更加明晰，生物结核病不曾来大现有的大分子研究工作不必系统对地利用另有科生理、放射治疗和转归流血事件数据集，以坚给与最高规格的另有科研究工作。尽管有其局限官能，TCGA-CDR提供者了规格化数据库，以及明了的4个另有科结果起始站导出，并消除了质量问题，从而在蓝胃癌和变异直观度上完成裂解研究工作。不曾来数据集研究工作的融为一体将增加结果二者之间的实际意义，好处地解释和支给与重复。

参考数据

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics